Pour rendre hommage à l’excellence en recherche, le CRSNG décerne divers prix qui visent à reconnaître des réalisations exceptionnelles, des découvertes innovatrices de jeunes chercheuses et chercheurs aux réalisations et à l’influence de toute une vie.
Le CRSNG accorde chaque année jusqu’à six bourses Arthur‑B.‑McDonald pour reconnaître les réalisations de chercheuses et chercheurs universitaires canadiens en début de carrière en sciences naturelles ou en génie. Ces bourses aident les titulaires à renforcer leurs capacités en recherche pour leur permettre de devenir des chefs de file dans leur domaine et d’inspirer d’autres personnes. Les bourses Arthur‑B.‑McDonald étaient auparavant connues sous le nom de bourses commémoratives E.W.R. Steacie.
La Médaille d’or Gerhard-Herzberg en sciences et en génie du Canada est décernée annuellement à une chercheuse ou à un chercheur dont les travaux menés au Canada, dans le domaine des sciences naturelles ou du génie, se caractérisent par leur excellence et leur influence soutenues.
Le Prix Brockhouse du Canada pour la recherche interdisciplinaire en sciences et en génie vise à reconnaitre les réalisations d’équipes de chercheuses et chercheurs canadiens de différentes disciplines, qui travaillent en très étroite collaboration et qui mettent en commun leurs connaissances et compétences pour contribuer de façon remarquable à l’avancement des sciences naturelles ou du génie.
Le Prix Donna-Strickland du CRSNG soulignant les retombées sociales de la recherche en sciences naturelles et en génie récompense chaque année une personne ou une équipe dont les travaux de recherche remarquables en sciences naturelles ou en génie au Canada ont donné lieu à des bienfaits exceptionnels pour la société, l’environnement ou l’économie du pays.
Les Prix du CRSNG pour la promotion des sciences rendent hommage aux particuliers et aux groupes qui apportent une contribution exceptionnelle à la promotion des sciences au Canada par l'entremise d'activités visant à encourager la population à s'intéresser aux sciences ou à acquérir des aptitudes en sciences. Deux lauréats (un particulier et un groupe) peuvent être sélectionnés chaque année pour recevoir un prix.
Le Prix John-C.-Polanyi du CRSNG a été créé en 2006 pour rendre hommage à une chercheuse ou un chercheur ou encore à une équipe de recherche dont les travaux menés au Canada sont à l’origine d’une percée remarquable réalisée récemment dans un des domaines des sciences naturelles ou du génie qu’appuie le CRSNG.
Les Prix Synergie pour l’innovation, décernés annuellement, reconnaissent les collaborations qui sont des modèles de partenariat efficace entre des organismes partenaires et des universités ou des collèges.